Botrytis en serre maraîchère : prévention, lutte et coût économique

Le botrytis, ou pourriture grise, est le pathogène fongique le plus redouté en serre maraîchère et horticole. Il rabote la rentabilité saison après saison, en silence. Ce guide expose son cycle, les facteurs qui le favorisent, les méthodes de prévention efficaces et le coût réel d'une attaque non maîtrisée.

Publié le 24 mai 2026

1. Qu'est-ce que le botrytis

Le botrytis désigne un genre de champignons phytopathogènes dont l'espèce la plus problématique en serre est Botrytis cinerea. Polyphage, il s'attaque à une très large gamme de cultures : tomate, concombre, fraise, salade, courgette, melon, fleurs coupées, plantes ornementales sous abri.

Il se reconnaît à un feutrage gris caractéristique qui recouvre les tissus colonisés (feuilles, tiges, fleurs, fruits), d'où son nom courant de « pourriture grise ». Les conidies (spores) qu'il libère par millions sont transportées par le moindre courant d'air et constituent la source principale de contamination.

2. Cycle de développement

Le cycle infectieux du botrytis comprend trois phases :

Phase 1 — Conservation hivernale

Le champignon survit entre deux cultures sous forme de sclérotes (organes de résistance) dans les débris végétaux, le substrat, ou les structures de la serre. Un nettoyage insuffisant entre cultures constitue le réservoir d'infection de la saison suivante.

Phase 2 — Germination et infection primaire

Les conidies libérées germent à la surface des tissus végétaux en présence d'eau libre (condensation, gouttes d'irrigation, transpiration mal évacuée) et de tissus blessés ou sénescents (taille, défoliation, fleurs fanées, feuilles en bas de plante). La germination est optimale entre 15 et 22 °C avec une humidité relative supérieure à 90%.

Phase 3 — Colonisation et sporulation

Une fois installé, le champignon colonise rapidement les tissus. En 5 à 7 jours, des conidiophores se forment et libèrent de nouvelles vagues de spores, provoquant l'attaque secondaire. C'est à ce stade que les dégâts deviennent visibles : taches brunes sur fruits, chancres sur tiges, dépérissement de bouquets entiers.

3. Facteurs favorisants

Le botrytis n'attaque pas sans condition. Quatre facteurs principaux déclenchent ou amplifient l'épidémie :

3.1 L'hygrométrie

C'est le facteur n°1. Au-delà de 85% d'humidité relative, les conidies germent. Au-delà de 90% pendant plusieurs heures consécutives, la contamination devient quasi-certaine. La période la plus risquée est la nuit, où la baisse de température peut amener la serre au point de rosée et créer une condensation généralisée.

3.2 La température

Le champignon est actif entre 5 et 30 °C, avec un optimum entre 15 et 22 °C. Or, c'est précisément la fourchette de température de consigne des serres maraîchères chauffées en France. Inutile d'espérer « tuer » le botrytis par le froid sans interrompre la production.

3.3 Les blessures et tissus sénescents

Chaque taille, chaque défoliation, chaque fleur fanée non retirée crée une porte d'entrée. Les blessures fraîches sont colonisées en quelques heures si l'hygrométrie est favorable.

3.4 La densité et l'aération du couvert

Un couvert dense, mal aéré, où l'air ne circule pas, accumule l'humidité localement. Les zones basses, à l'aplomb du sol froid, sont les premières touchées.

4. Coût d'une attaque non maîtrisée

Quantifier les pertes botrytis est instructif. Sur une serre tomate hors-sol de 8 000 m² produisant 50 kg/m²/an (soit 400 tonnes annuelles, valorisées en moyenne à 1,80 €/kg en gros), une attaque modérée non maîtrisée peut entraîner :

• 5% de pertes récolte directes = 20 tonnes = environ 36 000 € de chiffre d'affaires perdu
• Déclassement de lots sur 10% supplémentaires = 40 tonnes vendues 20 à 30% moins cher = 15 000 à 20 000 € de marge perdue
• Surcoût main-d'œuvre en taille sanitaire et tri = 30 à 50 heures supplémentaires par hectare = 1 500 à 2 500 €
• Coût des traitements fongicides = 800 à 1 500 € par hectare et par saison
• Coût du surchauffage pour assécher les épisodes humides = 5 à 10% de gaz supplémentaire = 3 000 à 6 000 €

Total estimé sur une saison : 55 000 à 80 000 € de pertes pour une attaque modérée. En cas d'attaque sévère (15% de pertes directes ou plus), les chiffres doublent.

5. Prévention culturale

Avant tout traitement ou équipement, la prévention culturale reste le levier le plus efficace et le moins cher.

• Nettoyage rigoureux entre deux cultures : retrait complet des débris végétaux, désinfection des structures et du substrat.
• Évacuation immédiate des déchets de taille, en particulier les feuilles défoliées et les fleurs fanées qui constituent un réservoir.
• Taille en conditions sèches, jamais en fin de journée ou par temps humide.
• Densité raisonnée permettant la circulation de l'air dans le couvert.
• Aération mécanique du couvert par brassage d'air (déstratificateurs) sans pour autant assécher excessivement.
• Fertilisation équilibrée : un excès d'azote produit des tissus tendres plus vulnérables.

Ces mesures réduisent la pression mais ne suppriment pas le risque dès qu'apparaissent les conditions hygrométriques favorables.

6. Maîtrise climatique et déshumidification

La maîtrise de l'hygrométrie est le levier le plus puissant. Historiquement, deux approches coexistent :

6.1 La méthode « chauffer-ventiler »

Ouvrir les ouvrants pour évacuer l'air saturé et chauffer pour compenser la perte de chaleur. Cette méthode fonctionne mais coûte deux fois : la chaleur produite est en partie évacuée avec l'air humide, et le CO₂ injecté pour la photosynthèse est perdu dans la même opération. Sur les serres modernes injectant du CO₂, c'est un gaspillage substantiel.

6.2 La déshumidification thermodynamique

L'air humide passe sur un évaporateur froid. La vapeur d'eau se condense et est collectée. La chaleur récupérée par le compresseur est réinjectée dans la serre. L'air ressort sec et chaud, sans avoir besoin d'aérer.

Bénéfices cumulés :

• Hygrométrie ramenée sous le seuil critique de 85% en permanence
• Économie de gaz de l'ordre de 25 à 30% sur le poste chauffage
• Conservation du CO₂ injecté
• Récupération de 240 L/jour d'eau de condensation par unité, réutilisable en fertirrigation
• Suppression de la quasi-totalité des attaques botrytis liées à la condensation nocturne

Cette technologie est précisément l'objet de la fiche CEE AGRI-TH-117, qui permet son financement intégral pour les exploitants de serres chauffées éligibles.

7. Lutte biologique

La lutte biologique repose sur l'utilisation d'agents microbiens antagonistes qui colonisent les tissus à protéger et empêchent le développement du botrytis. Les principales préparations homologuées en France :

• Trichoderma asperellum / harzianum : champignons antagonistes appliqués par pulvérisation foliaire ou via le système d'irrigation.
• Bacillus subtilis : bactérie qui occupe l'écosystème de surface des tissus.
• Aureobasidium pullulans : levure qui prévient l'installation du botrytis sur les fleurs et fruits.

La lutte biologique est compatible avec une démarche bas-intrant et avec la certification HVE. Elle nécessite une régularité d'application et une bonne maîtrise du climat — elle est nettement plus efficace lorsque l'hygrométrie est déjà sous contrôle.

8. Traitements chimiques

Les fongicides chimiques homologués contre le botrytis (familles des anilinopyrimidines, hydroxyanilides, SDHI, fluazinam selon usage et culture) restent disponibles mais voient leurs autorisations se restreindre. Leur efficacité décline également du fait de la sélection de souches résistantes — le botrytis est particulièrement doué pour développer des résistances.

L'approche recommandée est de réserver les traitements chimiques aux situations d'attaque déclarée, en alternance avec d'autres familles pour limiter les résistances, et en complément (jamais en substitution) des mesures de prévention climatique et culturale.

9. ROI de la déshumidification thermodynamique

Reprenons l'exemple de la serre tomate hors-sol de 8 000 m² :

• Coût matériel + pose (3 à 4 unités déshumidification thermodynamique) : 175 000 à 240 000 € selon la configuration
• Financement via AGRI-TH-117 : prime CEE couvrant 100% du coût
• Reste à charge effectif : 1€ symbolique
• Bénéfices annuels mesurés :
  • Suppression des pertes botrytis : 55 000 à 80 000 € évités
  • Économie de gaz (−28% mesuré sur retours terrain) : 12 000 à 20 000 € sur facture
  • Économie d'eau de forage : 3 à 5 000 m³ récupérés/an, soit 1 500 à 3 500 €

Total des bénéfices annuels : 70 000 à 105 000 € pour un investissement quasi-nul. Le retour sur investissement n'est pas une projection optimiste : c'est la réalité économique du dispositif.

10. Protocole de prévention recommandé

Une approche intégrée combine plusieurs leviers de manière cohérente :

1. Nettoyage et désinfection rigoureux entre cultures.
2. Conduite climatique visant un maintien de l'humidité relative sous 80% en moyenne, jamais au-dessus de 85% plus d'une heure consécutive.
3. Déshumidification thermodynamique dimensionnée correctement pour absorber les pics nocturnes.
4. Aération mécanique du couvert pour homogénéiser l'air.
5. Évacuation systématique des déchets de taille et des fleurs fanées.
6. Application préventive d'antagonistes microbiens en saison à risque.
7. Surveillance hebdomadaire des zones les plus sensibles (bas de tronc, bouquets en fleur).
8. Recours mesuré aux fongicides en cas d'attaque, en alternance, jamais en routine.

La déshumidification thermodynamique n'est pas la solution miracle qui dispenserait de toutes les autres mesures. Elle est en revanche le pilier qui rend toutes les autres mesures vraiment efficaces, en supprimant la condition climatique principale du développement du champignon.

Pour aller plus loin : Guide complet de la fiche AGRI-TH-117